Les Amérindiens qui habitaient dans les grandes plaines américaines à l'est des Rocheuses ont utilisé les espèces d'échinacées pour soigner une multitude de problèmes de santé, notamment les infections des voies respiratoires et les morsures de serpent. Durant des fouilles archéologiques menées sur des sites fréquentés par les Sioux Lakotas, on a découvert des semences d'échinacée datant du XVIIe siècle.
Les colons venus d'Europe ont adopté les mêmes usages médicinaux que les Amérindiens et dès 1800, tant les partisans de la médecine éclectique (XIXe siècle jusqu'au début du XXe siècle) que les médecins plus classiques utilisaient l'échinacée dans leur pratique clinique.
De 1916 à 1950, l'échinacée était inscrite sur la liste des ingrédients pharmaceutiques du Formulaire National des États-Unis. Par la suite, la plante est tombée en désuétude en raison de l'arrivée dans le commerce des antibiotiques de synthèse utilisés couramment pour traiter les infections autrefois soignées grâce à l'échinacée. Mais les médecins allemands, qui ont découvert la plante vers 1920, continuent à l'utiliser dans leur pratique clinique.
En 1938, le médecin allemand Gerhard Madaus entreprend la première série d'études scientifiques portant sur l'échinacée. Ironiquement, c'est en Allemagne que se fera le plus gros de la recherche scientifique sur cette plante d'origine américaine. Elle y devint d'ailleurs tellement populaire que les approvisionnements en provenance des États-Unis vinrent à manquer et que Madaus décida de l'implanter en Europe en la faisant cultiver à grande échelle.