Le nom de la plante est issu du grec. Il fait référence au fait que la camomille pousse près du sol (chamos) et que ses fleurs fraîchement écloses ont un parfum qui rappelle celui de la pomme (melos).
Diverses espèces de camomille ont fait l'objet de nombreux usages médicinaux depuis l'Antiquité. On rapporte que le pharaon Ramsès II fut embaumé avec de l'huile essentielle de camomille romaine (Chamaemelum nobile). À la suite des Égyptiens, les Grecs et les Romains auraient adopté cette espèce de camomille dont l'usage s’est répandu en Europe lors de l'expansion de l'Empire romain. Chez les Anglo-Saxons, la camomille (vraisemblablement la romaine) était considérée comme l'une des sept plantes sacrées.
La camomille a été utilisée en Égypte ancienne pour traiter la fièvre et l’insolation. Au VIe siècle, on l’employait, entre autres, pour soulager l’insomnie, les maux de dos, les rhumatismes et l’indigestion. Au cours du XIXe siècle, en Médecine éclectique, elle a servi notamment à soigner les maladies des jeunes enfants.
La camomille fait actuellement partie intégrante de la pharmacopée de 26 pays. Elle entre dans la composition d’une multitude de préparations pharmaceutiques populaires, surtout en Europe. En Allemagne, par exemple, des préparations à base de camomille sont utilisées en médecine pédiatrique pour traiter l'érythème fessier et les croûtes de lait (chapeau) des nourrissons. On estime qu’il se boit chaque jour dans le monde plus d’un million de tasses de camomille.